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段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。所选用菌材树龄以5-20年为宜，于农历9月落叶后至翌年2月抽枝前砍伐，削平树钉截成15厘米长，装入26厘米x50厘米X0.05毫米的灵芝专用栽培袋中，注意不要让木质纤维扎穿袋子，以免造成后期污染。

出芝管理前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。