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第3个是六芝和灵芝之间的联系，在中国古代“灵芝”一词有很多含义，而《神农本草经》中的六芝只是根据药性进行系统的分类。人们将灵芝当作祥瑞，大概认为它有“灵”，主要是由药性和丰富的象征意象共同决定。一些专家学者将六芝与灵芝进行对比分析得出结论：六芝从根本上说，它的组成只是由赤芝和紫芝。《神农本草经》中记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代药物著作中，对它们的记载很少，对它们的记载，第1个是《本草纲目》，书中是这样描述的：黑芝又非常撤且多黄白，稀有黑青者；第2个是《瑞应图》，书中是这样描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根据现代的药物研究者研究和查找相关药物著作得出：赤芝在成长阶段，初的菌盖是白色或者是黄白色，紫芝的菌盖颜色比较深，接近于黑色。古代医学著作中所记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些药物学家认为，灵芝的主要特征是菌盖的外形像人的肾脏，半圆形或者类似于圆形，表面颜色呈褐黄色或红梅色，有很好的光泽性，还具有菌柄。菌肉的上半部分的颜色较浅，下半部分较深，与许多医学著作所记载赤芝很相似，因此赤芝这一类灵芝可以作为灵芝的代表的说法是很有权威性的，推测古代医学著作中的灵芝就是赤芝。

例如唐代有一个叫李宝臣的人，轻信了别人说的话，编造了一个自己是上天派到人间的使者的谎言，在自己的居所里伪造灵芝，并告示自己的辖区：天降灵瑞，非予所求，不祈而至”他的下属虽然知道这是他编造的，但是不敢对他进行反驳。李宝臣显然是想借灵芝这一祥瑞的名义来达到自己不可告人的目的，为自己谋反提供基础，只可惜事情还没有做完，就被人杀死在家中。此外，灵芝的出现还代表着对孝顺的人的奖励，《宋史》中这样说道：“孝义所感，醋泉、甘露、芝草、异木之瑞”从唐朝到明朝，因为百姓的孝顺行为感动上天致使灵芝的出现的事件有很多记载。例如，唐代安丰县孝子李兴守父丧期间，他父亲的坟墓上生出了紫芝和白芝，这件事被柳宗元知道后，将这件事写进了他的著作《寿州安丰县孝门铭》里。宋代有一个叫杨大的人，因为亲人的去世，非常悲伤，在亲人的坟前守墓直到去世，在他的墓前长出了白芝。还有一个明代的叫孙世勤的人，非常孝顺，他的家里长出了3个灵芝。然而，灵芝还和许多其它的事联系在一起，上文提到的“白芝”象征着孝义，有时也代表着和白事有关。公元前761年8月26日，延英殿的梁上生出了玉芝，唐肃宗著作了《玉灵芝诗》，虽然大臣们纷纷来到殿前进行祝贺，但是占卜的结果是，会有丧事出现，果不其然，第二年唐肃宗及其父亲唐玄宗都因病去世。